Οι αρμοδιότητες της Γ.Δ. Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής ανάγονται ιδίως στη μέριμνα για την ανάπτυξη και την ποιοτική βελτίωση των τομέων της φυτικής και ζωικής παραγωγής στην Περιφέρεια Ηπείρου, τη λήψη των αναγκαίων μέτρων για την ανάπτυξη και τον εκσυγχρονισμό των αγροτικών εκμεταλλεύσεων, τη διενέργεια ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου στην Περιφέρεια Ηπείρου, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας.
Οι διοικητικές της διαδικασίες έχουν ομαδοποιηθεί στις παρακάτω θεματικές κατηγορίες: